Guia docente
DATOS IDENTIFICATIVOS 2024_25
Asignatura BIOLOGÍA SINTÉTICA, DE SISTEMAS E INGENIERÍA METABÓLICA Código 01737108
Enseñanza
1737 - MASTER UNIVERSITARIO EN PRODUCCION DE INDUSTRIAS FARMACEUTICAS
Descriptores Cr.totales Tipo Curso Semestre
6 Obligatoria Primer Primero
Idioma
Castellano
Prerrequisitos
Departamento BIOLOGIA MOLECULAR
Responsable
BARREIRO MENDEZ , CARLOS
Correo-e cbarm@unileon.es
cgare@unileon.es
arodg@unileon.es
erodo@unileon.es
Profesores/as
GARCÍA ESTRADA , CARLOS
RODRÍGUEZ GARCÍA , ANTONIO
RODRÍGUEZ OLIVERA , ELÍAS
BARREIRO MENDEZ , CARLOS
Web http://
Descripción general
Tribunales de Revisión
Tribunal titular
Cargo Departamento Profesor
Presidente BIOLOGIA MOLECULAR CHAMIZO AMPUDIA , ALEJANDRO
Secretario BIOLOGIA MOLECULAR FERRERO GARCIA , MIGUEL ANGEL
Vocal BIOLOGIA MOLECULAR RUA ALLER , FRANCISCO JAVIER
Tribunal suplente
Cargo Departamento Profesor
Presidente CIENCIAS BIOMEDICAS BALAÑA FOUCE , RAFAEL
Secretario BIOLOGIA MOLECULAR GUTIERREZ MARTIN , SANTIAGO
Vocal BIOLOGIA MOLECULAR RODRIGUEZ APARICIO , LEANDRO B.

Resultados del proceso de formación
Tipo A Código Competencias
  A19243 1737Cod_comp13 Comprender los principios básicos de la biotecnología microbiana.
  A19247 1737Cod_comp17 Conocimiento de las herramientas ómicas disponibles y su metodología, y conceptos básicos de ingeniería del ADN e ingeniería metabólica.
  A19257 1737Cod_comp6 Poseer y comprender conocimientos que aporten una base u oportunidad de ser originales en el desarrollo y/o aplicación de ideas, a menudo en un contexto de investigación
  A19258 1737Cod_comp7 Que los estudiantes sepan aplicar los conocimientos adquiridos y su capacidad de resolución de problemas en entornos nuevos o poco conocidos dentro de contextos más amplios (o multidisciplinares) relacionados con su área de estudio
  A19259 1737Cod_comp8 Que los estudiantes sean capaces de integrar conocimientos y enfrentarse a la complejidad de formular juicios a partir de una información que, siendo incompleta o limitada, incluya reflexiones sobre las responsabilidades sociales y éticas vinculadas a la aplicación de sus conocimientos y juicios
  A19260 1737Cod_comp9 Que los estudiantes sepan comunicar sus conclusiones y los conocimientos y razones últimas que las sustentan a públicos especializados y no especializados de un modo claro y sin ambigüedades
Tipo B Código Conocimientos o Contenidos
  B5863 1737Cod_rtdo1 Capacidad de evaluar las posibilidades de mejora, de un proceso de producción o de gestión de calidad desde un punto de vista técnico.
  B5864 1737Cod_rtdo2 Capacidad de decisión para implantar los sistemas producción y de control de calidad más adecuados, según las necesidades sociales y económicas.
Tipo C Código Habilidades o Destrezas
  C13 1737Cod_hab3 Toma decisiones y resuelve problemas, localizándolos, identificando las causas y alternativas de solución, seleccionando y evaluando la más idónea.
  C14 1737Cod_hab4 Posee pensamiento crítico, siendo capaz de analizar, sintetizar y extraer conclusiones de un artículo (ya sea de opinión o científico).
  C15 1737Cod_hab5 Es creativo, es capaz de innovar, posee iniciativa y fomenta ideas e inventiva.
  C16 1737Cod_hab6 Gestiona tiempos y recursos, desarrolla planes, prioriza actividades, identifica las críticas, establece plazos y los cumple.

Temario
Bloque Tema
Bloque I. INTRODUCCIÓN Tema 1. INTRODUCCIÓN AL ESTUDIO DE LOS ORGANISMOS COMO SISTEMAS.
Células y genomas. Regulación génica. Proteínas.
Bloque II. PRINCIPIOS DE BIOLOGÍA SINTÉTICA Tema 2. DEFINICIONES, ÉTICA Y CONSIDERACIONES SOCIALES.
Qué es biología sintética. Dimensiones social y filosófica. Consideraciones políticas y científicas. Estandarización de la biología sintética.

Tema 3. CHASIS BACTERIANOS
Células bacterianas mínimas. Ingeniería de chasis. Especificaciones deseables de un chasis microbiano. Ejemplos (Streptomyces, Pseudomonas).

Tema 4. MÉTODOS DE MODIFICACIÓN GÉNICA. Cortando y uniendo moléculas de ADN. Clonación y mutación.

Tema 5. TÉCNICAS DE EDITADO GÉNICO. Técnicas simples. Métodos de ensamblaje genético. Editado genético mediante el sistema CRISPR.
Bloque III. BIOLOGÍA SINTÉTICA DE EUCARIOTAS Tema 6. EXPRESIÓN GÉNICA EN EUCARIOTAS.
Promotores, Factores de transcripción, RNAi, expresión génica y organización de la cromatina, lenguaje en biología sintética.

Tema 7. MANIPULACIÓN Y MODIFICACIÓN DE CÉLULAS EUCARIOTAS.
Mutación e ingeniería genética (sobreexpresión, disrupción y silenciamiento génicos), plataformas eucariotas de expresión.

Tema 8. LOS HONGOS Y LEVADURAS COMO PARADIGMA DE CÉLULAS EUCARIOTAS PARA LA BIOLOGÍA SINTÉTICA
Ingeniería genética de hongos y levaduras, vectores, sistemas de transformación, marcadores de selección.

Tema 9. BIOLOGÍA SINTÉTICA APLICADA A EUCARIOTAS.
Producción de antibióticos beta-lactámicos en hongos, producción de vacunas en levaduras, terapia génica, organismos transgénicos.
Bloque IV. GENÓMICA, TRANSCRIPTÓMICA Y PROTEÓMICA Tema 10. GENÓMICA.
Conceptos. Obtención del ADN. Técnicas de secuenciación. Secuenciación Sanger. Plataformas de ultrasecuenciación. Mapeado y ensamblaje de lecturas. Anotación de genomas. Herramientas de búsqueda de homologías y comparación genómica. Análisis de variantes. Bancos de datos.

Tema 11. TRANSCRIPTÓMICA.
Avances en el estudio de la expresión génica. Micromatrices de expresión. Técnicas de RNA-seq. La importancia del diseño experimental. Aislamiento de ARN. Bioinformática transcriptómica. Normalización y análisis estadístico. Detección de nuevos transcritos. Interpretación y comunicación de los resultados.

Tema 12. PROTEÓMICA.
Introducción a la proteómica. Tipos de proteómica (Top-down, Bottom-up). Obtención de muestras, procesamiento e identificación. Proteómica diferencial. Proteómica cuantitativa. Bases de datos.

Tema 13. ESPECTROMETRÍA DE MASAS. Introducción a la espectrometría de masas. Tipos de espectrómetros (analizadores, detectores,…). Identificación de microorganismos mediante espectrometría. Control de calidad y contaminantes. MALDI imaging.
Bloque V. BIOLOGÍA DE SISTEMAS E INGENIERÍA METABÓLICA Tema 14. ANÁLISIS DE LOS MECANISMOS DE REGULACIÓN TRANSCRIPCIONAL.
Ensayos de unión proteína-ADN in vitro: retraso electroforético y protección frente a ADNasa I. Ensayos in vivo: ChIP-seq. Bioinformática de los sitios de unión.

Tema 15. CONCEPTOS CLAVE EN BIOLOGÍA DE SISTEMAS E INGENIERÍA METABÓLICA.
Reduccionismo frente a la biología de sistemas. Nociones básicas de los modelos computacionales. Redes reguladoras. Integración de datos. Papel de la ingeniería metabólica en la biotecnología.

Planificación
Metodologías  ::  Pruebas
  Horas en clase Horas fuera de clase Horas totales
Seminarios 10 25 35
 
Prácticas en laboratorios 8 12 20
Prácticas de campo / salidas 8 0 8
Tutoría de Grupo 2 4 6
 
Sesión Magistral 26 40 66
 
Pruebas mixtas 3 12 15
 
(*)Los datos que aparecen en la tabla de planificación són de carácter orientativo, considerando la heterogeneidad de los alumnos

Metodologí­as
Metodologías   ::  
  descripción
Seminarios Se realizará exposición oral de algún aspecto concreto de la temática de la asignatura, incidiendo con mayor profundidad en los aspectos tratados.
Prácticas en laboratorios Prácticas en laboratorio especializado. P1.- Clonación de un fragmento de ADN. La práctica consistirá en el desarrollo de protocolos de digestión y aislamiento de fragmentos de ADN, ligación en vector de clonación y posterior transformación (integración) en células de Escherichia coli que serán sembradas en medio de cultivo selectivo. P2.- Valoración fenotípica del proceso de ingeniería genética en hongos filamentosos: La práctica consistirá en el análisis de la modificación del fenotipo de un hongo filamentoso tras la modificación génica del mismo a través de la integración y posterior sobreexpresión de genes responsables de la biosíntesis de compuestos bioactivos. P3.- Genómica y transcriptómica. Manejo del material e instrumentación para el análisis transcriptómico con micromatrices. Visualización de datos de ultrasecuenciación. Nociones del flujo de análisis bioinformático: ensamblaje de lecturas, mapeado; preprocesamiento y normalización; análisis estadístico. P4.- Proteómica. La práctica analizará la obtención de proteínas compatibles con 2D; electroforesis bidimensional (Isoelectroenfoque y SDS-PAGE); tinción visible y marcaje fluorescente; análisis mediante software especializado; nociones de espectrometría de masas tipo MALDI-TOF/TOF y búsqueda en bases de datos.
Prácticas de campo / salidas Realización de visitas, estancias de formación en empresas, instituciones del sector, realización de trabajos fuera del aula.
Tutoría de Grupo Tiempo que cada profesor tiene reservado para atender y resolver dudas de los alumnos
Sesión Magistral Exposición de los contenidos de la asignatura, incluyendo la resolución de problemas y ejercicios. También se realizarán seminarios especializados, impartidos por profesionales y expertos en la temática que se va a tratar. El objetivos de estos seminarios será ampliar los contenidos expuestos en la sesiones magistrales convencionales, estableciendo un vínculo con el futuro quehacer profesional de los alumnos.

Tutorías
 
Tutoría de Grupo
descripción
Tiempo que cada profesor tiene reservado para atender y resolver dudas de los alumnos

Evaluación
  descripción calificación
Seminarios Los trabajos son generalmente individuales y obligatorios (en español), basándose en el análisis y la exposición en clase del contenido de artículos científicos, revisión o capítulos de libro (en inglés).
Evaluación: exposición 50 %, presentación (diapositivas) 40 %, defensa (preguntas) 10 % 		20%
Prácticas en laboratorios Asistencia obligatoria.
Cada práctica tendrá unas determinadas preguntas en la prueba escrita. 		20%
Pruebas mixtas Fundamentalmente preguntas cortas.
Hay que sacar 5 o más sobre 10 para aprobar la asignatura 		60%
 
Otros comentarios y segunda convocatoria

El sistema de calificaciones se expresará mediante calificación numérica de acuerdo con lo establecido en el artículo 5 del Real Decreto 1125/2003 de 5 de Septiembre (BOE de 18 de Septiembre), por el que se establece el sistema europeo de créditos y el sistema de calificaciones en las titulaciones universitarias de carácter oficial y validez en todo el territorio nacional.

Únicamente se superará la asignatura tras haber aprobado todas y cada una de las partes de manera independiente. La calificación mínima para superar dichas partes es de 5. No se considerará superada la asignatura independientemente de que la calificación ponderada fuese de 5 o mayor. Sólo se aplicará la ponderación cuando las diferentes partes de la asignatura hayan sido superadas con una nota igual o superior a 5. En caso contrario la nota reflejada en las actas de calificación de la asignatura será la correspondiente a la parte (teórica, práctica o seminario) suspensa.

Todas las pruebas de evaluación se regirán por el “Reglamento de Evaluación y Calificación del Aprendizaje de la Universidad de León” (Aprobado por el Consejo de Gobierno de la ULE el 12-03-2010) y por el documento “Pautas de actuación en los supuestos de plagio, copia o fraude en exámenes o pruebas de evaluación” (Aprobado por la Comisión Permanente del Consejo de Gobierno de la ULE, el 29/01/2015). De acuerdo a dicha normativa no se podrán utilizar para la realización de los exámenes apuntes o libro de texto, así como también queda prohibida la utilización de sistemas digitales, desde ordenadores hasta teléfonos móviles u otros dispositivos electrónicos. En resumen, no se permitirá al alumno disponer, durante el examen, de ningún tipo de fuente de información que no sea la inherente a su propia capacidad intelectual.

De acuerdo también a la citada normativa, el plagio en los distintos trabajos de la asignatura está prohibido. De contravenirse dichas normas, el alumno será objeto de las actuaciones punitivas descritas en el reglamento, de acuerdo con las pautas de actuación publicadas por la ULE.

SEGUNDA CONVOCATORIA

Sólo será obligatorio presentarse a los bloques no superados en la primera convocatoria. La evaluación de la segunda convocatoria se realizará de modo semejante a la evaluación de la primera convocatoria, habiéndose de superar aquellas partes de la asignatura que han resultado suspensas en la primera convocatoria.

Fuentes de información
Acceso a la Lista de lecturas de la asignatura

Básica Eberhard Voit, A First Course in Systems Biology, Second Edition, Garland Science, 2017
Jonathan Pevsner, Bioinformatics and Functional Genomics, ohn Wiley & Sons, Ltd , 2015
Jane K. Setlow, Genetic engineering: principles and methods, Kluwer Academic/Plenum Publishers, 2001
Devarajan Thangadurai (Editor), Jeyabalan Sangeetha (Editor), Genomics and Proteomics: Principles, Technologies, and Applications, Apple Academic Press , 2015
Nawin C. Mishra, Introduction to Proteomics: Principles and Applications, John Wiley & Sons, Inc., 2010
Marek Smoluch, Mass Spectrometry. An Applied Approach (2nd Edition), John Wiley & Sons, Inc, 2019
Darren N. Nesbeth, Synthetic Biology Handbook, CRC Press, 2016
Joachim Boldt, Synthetic Biology. Metaphors, Worldviews, Ethics, and Law, Springer VS, Wiesbaden , 2016

Se proporcionará directamente a los alumnos fuentes de información más específicas como artículos de investigación o revisión, notas de aplicación, y manuales de casas comerciales relacionados con la temática de la asignatura facilitados por el equipo docente.
Complementaria


Recomendaciones