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Guia docente | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DATOS IDENTIFICATIVOS | 2024_25 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Asignatura | TRANSCRIPTÓMICA Y ANÁLISIS FUNCIONAL | Código | 01745012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enseñanza |
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Descriptores | Cr.totales | Tipo | Curso | Semestre | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | Optativa | Primer | Segundo |
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Idioma |
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Prerrequisitos | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Departamento | PRODUCCION ANIMAL |
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Responsable |
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Correo-e | asuav@unileon.es bgutg@unileon.es mmarm@unileon.es arodg@unileon.es jgutg@unileon.es |
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Profesores/as |
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Web | http:// | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Descripción general | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tribunales de Revisión |
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Competencias |
Tipo A | Código | Competencias Específicas |
A18951 | 1745CE12 Capacidad para desarrollar habilidades que permitan aplicar y optimizar herramientas bioinformáticas especializadas y conceptos computacionales avanzados que se utilizan en los estudios genómicos y transcriptómicos. | |
A18952 | 1745CE13 Capacidad para diseñar, reconocer y realizar estudios de investigación transcriptómica y análisis avanzados de enriquecimiento funcional. | |
A18954 | 1745CE3 Capacidad para utilizar recursos informáticos actualizados relacionados con el manejo de bases de datos, tanto bibliográficas como relativas a las moléculas biológicas y a las particularidades de sus métodos de análisis avanzados. | |
A18955 | 1745CE4 Capacidad de utilización de los métodos matemáticos y estadísticos adecuados para el análisis de datos avanzado, así como su edición y presentación en documentos científicos. | |
Tipo B | Código | Competencias Generales y Transversales |
B5753 | 1745CT1 Expresión oral y escrita. | |
B5754 | 1745CT2 Solución de problemas. | |
B5755 | 1745CT3 Utilizar internet como medio de comunicación y como fuente de información. | |
B5756 | 1745CT4 Habilidad de comunicación. | |
B5757 | 1745CT5 Organizar y planificar el trabajo. | |
B5758 | 1745CT6 Toma de decisiones. | |
B5759 | 1745CT7 Liderazgo. | |
B5760 | 1745CT8 Capacidad de autoevaluación. | |
B5761 | 1745CT9 Creatividad. | |
B5762 | 1745CT10 Trabajo en equipo. | |
B5763 | 1745CT11 Adaptación a nuevas situaciones, iniciativa y espíritu emprendedor. | |
B5764 | 1745CT12 Pensamiento crítico. | |
B5765 | 1745CT13 Mantener un compromiso ético. | |
B5766 | 1745CG1 Adquirir una formación teórico-práctica actualizada de la metodología aplicada para el desarrollo de actividades de I+D+I en Biología Fundamental, Biomedicina Biotecnología y Veterinaria orientada a seguir estudios de doctorado, a la investigación y al ejercicio profesional. | |
B5767 | 1745CG2 Capacidad de buscar bibliografía, manuales y protocolos de actividades específicas, tanto en papel como internet, y de desarrollar el razonamiento crítico para seleccionarla teniendo en cuenta su aportación a la materia y para reunir e interpretar datos relevantes sobre diferentes temas. | |
B5768 | 1745CG3 Conseguir habilidades en el planteamiento de experimentos aplicando el método científico , planificación del trabajo, uso racional de los medios y de los recursos, recogida y análisis de los datos, su registro fiel, análisis, presentación y defensa de los mismos ante tribunales especializados. | |
Tipo C | Código | Competencias Básicas |
C1 | Que los estudiantes sepan aplicar los conocimientos adquiridos y su capacidad de resolución de problemas en entornos nuevos o poco conocidos dentro de contextos más amplios (o multidisciplinares) relacionados con su área de estudio. | |
C2 | Que los estudiantes sean capaces de integrar conocimientos y enfrentarse a la complejidad de formular juicios a partir de una información que, siendo incompleta o limitada, incluya reflexiones sobre las responsabilidades sociales y éticas vinculadas a la aplicación de sus conocimientos y juicios. | |
C3 | Que los estudiantes sepan comunicar sus conclusiones (y los conocimientos y razones últimas que las sustentan) a públicos especializados y no especializados de un modo claro y sin ambigüedades. | |
C4 | Que los estudiantes posean las habilidades de aprendizaje que les permitan continuar estudiando de un modo que habrá de ser en gran medida autodirigido o autónomo. | |
C5 | Poseer y comprender conocimientos que aporten una base u oportunidad de ser originales en el desarrollo y/o aplicación de ideas, a menudo en un contexto de investigación |
Resultados de aprendizaje |
Resultados | Competencias | ||
Realizar e interpretar análisis de expresión diferencial de genes e identificación de nuevos transcritos, incluyendo transcritos no codificantes largos, a partir de datos de secuenciación masiva paralela de RNA (RNA-Seq). | A18951 A18952 A18954 A18955 |
B5754 B5757 B5758 B5759 B5760 B5761 B5764 B5766 B5767 B5768 |
C1 C2 C4 C5 |
Comprender la teoría de cómo las herramientas de enriquecimiento funcional producen funciones o interacciones enriquecidas estadísticamente | A18952 A18954 |
B5753 B5755 B5757 B5758 B5761 B5764 B5766 B5767 |
C2 C3 C4 C5 |
Desarrollo de competencias bioinformáticas mediante el manejo de diversos lenguajes de programación. | A18951 A18954 A18955 |
B5754 B5755 B5758 B5761 B5763 B5766 B5767 |
C2 C4 C5 |
Profundizar en el conocimiento de las bases biológicas y moleculares de los caracteres complejos de interés en diversos organismos mediante la realización e interpretación de análisis funcionales. | A18951 A18954 |
B5754 B5755 B5756 B5758 B5762 B5764 B5765 B5766 B5767 |
C2 C3 C5 |
Contenidos |
Bloque | Tema |
I. INTRODUCCIÓN. | Tema 1. Introducción a la transcriptómica y antecedentes Tema 2. Aspectos básicos para el diseño de un experimento y aplicaciones de la metodología de RNA-Seq Tema 3. Introducción a los lenguajes de programación: entorno Linux y R |
II. RNA-SEQ: FLUJO BIOINFORMÁTICO | Tema 4. Control de calidad de datos RNA-Seq Tema 5. Mapeo frente al genoma de referencia con datos de RNA-Seq Tema 6. Manipulación de secuencias y visualización con IGV Tema 7: Ensamblado de datos de RNA-Seq, tipos y aplicaciones Tema 8: Cuantificación y análisis de expresión diferencial Tema 9: Análisis de series temporales. Detección y anotación de transcritos de ARNm y ARNp en procariotas: dRNA-seq, Term-seq |
III. ANÁLISIS FUNCIONALES Y BIOLOGÍA DE SISTEMAS | Tema 10: Principios de la anotación funcional, bases de datos y análisis de enriquecimiento funcional Tema 11: Genómica Funcional y Sistemas CRISPR/Cas9 Tema 12: Meta-análisis e Introducción a la Biología de Sistemas |
Planificación |
Metodologías :: Pruebas | |||||||||
Horas en clase | Horas fuera de clase | Horas totales | |||||||
Practicas a través de TIC en aulas informáticas | 19 | 28.5 | 47.5 | ||||||
Tutorías | 3 | 4.5 | 7.5 | ||||||
Sesión Magistral | 8 | 12 | 20 | ||||||
Pruebas prácticas | 0 | 0 | 0 | ||||||
(*)Los datos que aparecen en la tabla de planificación són de carácter orientativo, considerando la heterogeneidad de los alumnos |
Metodologías |
descripción | |
Practicas a través de TIC en aulas informáticas | Sesiones prácticas presenciales. Ensayos experimentales, problemas o simulaciones informáticas. Los estudiantes realizarán o seguirán un protocolo experimental siguiendo las buenas prácticas de laboratorio, la guía de buenas prácticas de manipulación de animales de experimentación y/o microorganismos manipulados genéticamente. En dichas sesiones se discutirán, por parte de los estudiantes y el profesor, los resultados obtenidos, analizando su importancia e interés. |
Tutorías | Asistencia personalizada al alumno. Se guiará al estudiante en actividades autoformativas. Análisis de artículos científicos relevantes sobre temas actuales relacionados con la materia. - Preparación de memorias escritas, exposiciones orales o seminarios sobre trabajo experimental o bibliográfico. - Realización de tareas autónomas online o en aula informática. El alumno podrá asistir en los horarios de tutorías de los profesores. Se recomienda pedir cita previa mediante correo electrónico con el profesor. Las tutorías podrán realizarse mediante correo electrónico en caso de imposibilidad de tutoría presencial. |
Sesión Magistral | Exposición o discusión de los contenidos de la materia. |
Tutorías |
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Evaluación |
descripción | calificación | ||
Practicas a través de TIC en aulas informáticas | Asistencia a prácticas de laboratorio (asistencia y participación activa en todas las actividades formativas). 20% de la calificación final Entrega de memoria de prácticas. 30% de la calificación final |
50 | |
Otros | Valoración del manejo de herramientas bioinformáticas relacionadas con la asginatura y capacidad de interpretación y discusión de los resultados derivados de su utilización. 50% de la calificación final |
50 | |
Otros comentarios y segunda convocatoria | |||
Aquellos controles no superados en la evaluación continua deberán ser superados en la segunda convocatoria ordinaria. Examen final de la asignatura. El sistema de calificaciones se ajustará a lo estipulado en el RD 1125/2003. Ponderación máxima 70% |
Fuentes de información |
Acceso a la Lista de lecturas de la asignatura |
Básica |
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Complementaria | |
Recomendaciones |