Guia docente

DATOS IDENTIFICATIVOS

2011_12

Asignatura

BIOINFORMÁTICA

Código

00205032

Enseñanza

LIC. EN BIOTECNOLOGIA

Descriptores

Cr.totales

Tipo

Curso

Semestre

Troncal

Cuarto

Primero

Idioma

Castellano

Prerrequisitos

Departamento

BIOLOGIA MOLECULAR

Responsable

SÁENZ DE MIERA CARNICER , LUIS ENRIQUE

Correo-e

lesaec@unileon.es
cgpolp@unileon.es

Profesores/as

POLANCO DE LA PUENTE , CARLOS GASPAR

SÁENZ DE MIERA CARNICER , LUIS ENRIQUE

Web

http://

Descripción general

Tratamiento y análisis de información en biología y biomedicina mediante el uso de procedimientos, métodos y sistemas basados en las tecnologías de la información e informática. Proporcionar una visión funcional de las diferentes áreas en que tiene presencia la Bioinformática, entrenarse en las herramientas de uso cotidiano y suministrar una perspectiva de las líneas de actuación futura en este campo.

Tribunales de Revisión

Tribunal titular
Cargo	Departamento	Profesor

Tribunal suplente
Cargo	Departamento	Profesor

Objetivos

Metodologías

Clases teóricas de tipo magistral, y clases prácticas (prácticas de ordenador) en las que se exigirá la participación directa del alumno

Contenidos

Bloque	Tema
TEORÍA	Tema1. Introducción a la Bioinformática. La explosión de la información biológica. La información biológica y la necesidad de la informática. Definición de Bioinformática. Los grandes bloques temáticos de la Bioinformática. Los grandes centros y bancos de datos. Hitos importantes en Bioinformática. Tema 2 La informática en el laboratorio de Biología Molecular. Programas informáticos de utilidad en el laboratorio. Análisis de geles de electroforesis y electroferogramas. Análisis de restricción. Diseño de cebadores para PCR. Unión de contigs de secuencias de nucleótidos. Herramientas generales para secuencias. Paquetes informáticos y suites. Tema 3 Bases de datos en Bioinformática. La información en la era genómica. Principales bases de datos en Biología Molecular. El formato de la información. Las moléculas y las bases de datos. Herramientas de búsqueda Tema 4. Alineamientos de secuencias por parejas. Conceptos básicos del alineamiento de secuencias. Homología, identidad y similitud. Métodos gráficos de alineamiento: matrices dot-plot. Puntuación de los alineamientos mediante matrices de sustitución. Matrices de sustitución de aminoácidos (PAM y BLOSUM). Algoritmos de alineamiento óptimo para pares de secuencias. Tema 5. Uso de alineamientos para la búsqueda de secuencias en las bases de datos. Algoritmo BLAST. Sensibilidad y especificidad de las búsquedas. Significación de los resultados: E-values, P-values y Bit-scores. Búsquedas BLAST, BLAT, PSI-BLAST y PHI-BLAST. Tema 6. Predicción de genes. Necesidad de la predicción de genes “in silico”. Predicción de genes en procariotas y eucariotas. Información utilizada para encontrar genes. Medidas de fiabilidad. Programas de predicción de genes. Tema 7. Estructura secundaria y terciaria. Estructura de las macromoléculas. Niveles de estructura y plegamiento del RNA. Predicción de estructuras del RNA. Estructura secundaria y terciaria de las proteínas. Dominios proteicos. Motivos en las bases de datos. Tema 8. Alineamientos múltiples de secuencias. Concepto de alineamiento múltiple de secuencias (MSA). Métodos iterativos y progresivos para la obtención de MSAs. Utilización de los MSAs. Formatos de los MSAs. Software para la obtención, la edición y la presentación de alineamientos múltiples. Tema 9. Reconstrucción Filogenética. La teoría neutralista de la evolución. Árboles filogenéticos. Modelos de sustitución de nucleótidos. Métodos fenéticos para calcular distancias. Análisis clúster. Interpretación de árboles filogenéticos. Tema 10. Evaluación de Hipótesis Filogenéticas. Métodos de Máxima Parsimonia y Máxima Verosimilitud. Métodos de remuestreo. La hípótesis del reloj molecular. Contraste de hipótesis filogenéticas. Detección de selección. Tema 11. Lenguaje PERL en Bioinformática. Los elementos básicos de la programación en PERL. Diseño de scripts para resolver problemas en Bioinformática. Bioperl.
PRÁCTICAS	Empleo de diversos programas de bioinformática aplicados al análisis de datos de biología molecular

Otras actividades

Evaluación

	descripción	calificación

Otros comentarios y segunda convocatoria
Se realizarán pruebas escritas que consistirán en preguntas cortas teóricas, prácticas y teórico-prácticas. En las prácticas se realizará una evaluación continua valorando la asistencia y capacidad de obtención de datos y su posterior análisis con las herramientas bioinformáticas utilizadas. Se evaluará también el cuaderno de prácticas atendiendo a la interpretación de los resultados obtenidos. Se valorarán: el nivel de conocimientos, las capacidades de relación de distintos conceptos de la asignatura, la precisión en la redacción de las ideas, la claridad en las explicaciones y la concreción en las respuestas. El aprobado de la asignatura se obtiene alcanzando una calificación igual o superior a 5,0 puntos sobre 10,0 en cualquier examen final. Se considerará positivamente la asistencia a clase.

Fuentes de información

Acceso a la Lista de lecturas de la asignatura

Básica
	Pevsner, J. 2003. Bioinformatics and Functional Genomics. Wiley-Liss. (2ª Ed. Mayo 2009). Mount, D.W. 2004. Bioinformatics Sequence and Genome Analysis. (2nd edition). Cold Spring Harbor Laboratory Press. Lesk, A.M. 2008. Introduction to Bioinformatics. (3rd edition). Oxford.
Complementaria
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