Guia docente
DATOS IDENTIFICATIVOS 2015_16
Asignatura HERRAMIENTAS INFORMÁTICAS APLICADAS A LA BIOLOGÍA Código 00206026
Enseñanza
GRADO EN BIOLOGÍA
Descriptores Cr.totales Tipo Curso Semestre
3 Optativa Tercero Segundo
Idioma
Castellano
Ingles
Prerrequisitos
Departamento BIOLOGIA MOLECULAR
Responsable
POLANCO DE LA PUENTE , CARLOS GASPAR
Correo-e cgpolp@unileon.es
fgarc@unileon.es

lesaec@unileon.es
mrtarg@unileon.es
Profesores/as
GARCÍA CRIADO , FRANCISCO
GARCÍA FERNÁNDEZ , JAVIER
SÁENZ DE MIERA CARNICER , LUIS ENRIQUE
TÁRREGA GARCÍA-MARES , MARÍA REYES
POLANCO DE LA PUENTE , CARLOS GASPAR
Web http://
Descripción general Esta asignatura está dividida en dos bloques. El primero está dedicado a los modelos ecológicos y las técnicas multivariantes para procesar datos en Ecología. El segundo cubre aspectos computacionales en Biología Molecular y Genómica, donde se examinan las principales bases de datos y las herramientas informáticas disponbiles para su empleo efectivo en investigación.
Tribunales de Revisión
Tribunal titular
Cargo Departamento Profesor
Presidente BIOLOGIA MOLECULAR GARCIA GARCIA , PEDRO
Secretario BIOLOGIA MOLECULAR VENCES BENITO , FRANCISCO J.
Vocal BIODIVERSIDAD Y GEST.AMBIENTAL VALBUENA RELEA , MARIA LUZ
Tribunal suplente
Cargo Departamento Profesor
Presidente BIODIVERSIDAD Y GEST.AMBIENTAL BECARES MANTECON , ELOY
Secretario BIODIVERSIDAD Y GEST.AMBIENTAL ANSOLA GONZALEZ , GEMMA
Vocal BIOLOGIA MOLECULAR VAQUERO RODRIGO , FRANCISCA

Competencias
Código  
A56 206CMAT149 Conocimiento de las diferentes técnicas multivariantes de uso más frecuente para el tratamiento de datos en Biología, así como sus ventajas y limitaciones, de modo que el estudiante pueda seleccionar la técnica y el programa más adecuado para resolver situaciones concretas
A60 206CMAT152 Conocimiento de los diferentes métodos de estimación de la biodiversidad, sus ventajas e inconvenientes, de modo que el estudiante pueda seleccionar el método y el programa más adecuado para resolver situaciones concretas
A61 206CMAT153 Conocimiento de los programas de simulación de dinámica de poblaciones, comunidades y ecosistemas de uso más habitual. Capacidad de simular problemas medioambientales concretos y comprender e interpretar los resultados obtenidos a partir de los modelos de predicción
A66 206CMAT158 Conocimiento y aplicación de modelos de ecología espacial a la resolución de diferentes aspectos medioambientales
A141 206CMAT225 Manejar bases de datos de interés en Biología Molecular para la extracción de información y comparación de secuencias. Saber realizar alineamientos de secuencias. Analizar secuencias de ácidos nucleicos y proteínas mediante programas informáticos
A339 206CMATT34 Interpretar los resultados obtenidos mediante todos los métodos y técnicas y de comunicarlos de forma coherente
B8 206CT8 Diagnosis y resolución de problemas medioambientales. Evaluación de impacto ambiental
B12 206CT12 Estructura y dinámica de poblaciones. Muestreo, caracterización y manejo d epoblaciones y comunidades
B21 206CT21 Material genético, estructura y organización. Manipulación, análisis y asesoramiento genético
B22 206CT22 Métodos y procedimientos para la gestión, conservación y restauración de poblaciones y ecosistemas
B28 206CTT2 Análisis y síntesis
B31 206CTT5 Comunicación oral y escrita en la lengua nativa
B34 206CTT8 Gestión de la información
B37 206CTT11 Organización y planificación
B38 206CTT12 Razonamiento crítico
B39 206CTT13 Sensibilidad hacia temas medioambientales
C1 CMECES1 Que los estudiantes hayan demostrado poseer y comprender conocimientos en un área de estudio que parte de la base de la educación secundaria general, y se suele encontrar a un nivel que, si bien se apoya en libros de texto avanzados, incluye también algunos aspectos que implican conocimientos procedentes de la vanguardia de su campo de estudio.
C2 CMECES2 Que los estudiantes sepan aplicar sus conocimientos a su trabajo o vocación de una forma profesional y posean las competencias que suelen demostrarse por medio de la elaboración y defensa de argumentos y la resolución de problemas dentro de su área de estudio.
C3 CMECES3 Que los estudiantes tengan la capacidad de reunir e interpretar datos relevantes (normalmente dentro de su área de estudio) para emitir juicios que incluyan una reflexión sobre temas relevantes de índole social, científica o ética.
C4 CMECES4 Que los estudiantes puedan transmitir información, ideas, problemas y soluciones a un público tanto especializado como no especializado
C5 CMECES5 Que los estudiantes hayan desarrollado aquellas habilidades de aprendizaje necesarias para emprender estudios posteriores con un alto grado de autonomía

Resultados de aprendizaje
Resultados Competencias
Manejar bases de datos de interés en Biología Molecular para la extracción de información y comparación de secuencias. A141
A339
B21
B31
B34
B38
C1
C2
C3
C4
C5
Saber realizar alineamientos de secuencias. A141
A339
B21
B34
B37
C2
C3
C4
C5
Analizar secuencias de ácidos nucleicos y proteínas mediante programas informáticos. A141
A339
B21
B34
C2
C3
C4
C5
Capacidad de interpretar los resultados obtenidos mediante todos los métodos y técnicas y de comunicarlos A339
B31
B34
C2
C3
C4
C5
Conocimiento de los programas de simulación de dinámica de poblaciones, comunidades y ecosistemas de uso más habitual. A61
B8
B12
B22
C1
Capacidad de simular problemas medioambientales concretos y comprender e interpretar los resultados obtenidos a partir de los modelos de predicción. A61
B8
B22
B34
B38
B39
C2
C3
C5
Conocimiento de las diferentes técnicas multivariantes de uso más frecuente para el tratamiento de datos en Biología, así como sus ventajas y limitaciones, de modo que el estudiante pueda seleccionar la técnica y el programa más adecuado para resolver situaciones concretas. A56
B8
B28
B34
B37
C2
C3
C4
Conocimiento de los diferentes métodos de estimación de la biodiversidad, sus ventajas e inconvenientes, de modo que el estudiante pueda seleccionar el método y el programa más adecuado para resolver situaciones concretas. A60
B8
B12
B28
B34
B39
C2
C3
C4
C5
Conocimiento y aplicación de modelos de ecología espacial a la resolución de diferentes aspectos medioambientales. A66
B8
B12
B22
B39
C1
C2
C3
C4
C5

Contenidos
Bloque Tema
Herramientas informáticas aplicadas a la Ecología Tema E1: Tratamiento de datos en Ecología. Aplicación de técnicas multivariantes. Tipos, ventajas y desventajas.

Tema E2: Análisis comparativo de los métodos de estimación de la diversidad.

PRÁCTICAS:
Práctica 1: Técnicas multivariantes. I. Clasificación.
Práctica 2: Técnicas multivariantes. II. Ordenación.
Práctica 3: Métodos de estimación de la diversidad.
Práctica 4: Técnicas multifactoriales y estimación de la diversidad. Aplicación a un estudio ecológico concreto. I. Tratamiento de datos e interpretación de resultados.
Práctica 5: Técnicas multifactoriales y estimación de la diversidad. Aplicación a un estudio ecológico concreto. II. Exposición y discusión de los resultados obtenidos.
Herramientas informáticas aplicadas a la Biología Molecular Tema B1: La informática en el laboratorio de Biología Molecular. Análisis de datos electroforéticos. Análisis de restricción. Diseño de cebadores para PCR. Unión de contigs. Herramientas para secuencias.

Tema B2: Bases de datos en Bioinformática. La información en la era genómica. El formato de la información. Herramientas de búsqueda.

Tema B3: Alineamientos de secuencias por parejas. Métodos gráficos. Matrices de sustitución. Algoritmos de alineamiento óptimo.

Tema B4: Uso de alineamientos para la búsqueda de secuencias en bases de datos. Algoritmo BLAST y significación de los resultados. Búsquedas BLAST, BLAT, PSI-BLAST y PHI-BLAST. Predicción de genes.

Tema B5: Alineamientos múltiples de secuencias. Métodos iterativos y progresivos para la obtención de MSAs. Formatos de los MSAs. Utilización de los MSAs. Reconstrucción filogenética


PRÁCTICAS:
Empleo de diversos programas de bioinformática aplicados al análisis de datos de Biología Molecular

Planificación
Metodologías  ::  Pruebas
  Horas en clase Horas fuera de clase Horas totales
Sesión Magistral 8 15 23
 
 
Practicas a través de TIC en aulas informáticas 20 30 50
 
Pruebas mixtas 2 0 2
 
(*)Los datos que aparecen en la tabla de planificación són de carácter orientativo, considerando la heterogeneidad de los alumnos

Metodologí­as
Metodologías   ::  
  descripción
Sesión Magistral Exposición de los contenidos de la asignatura
Practicas a través de TIC en aulas informáticas Aplicar a nivel práctico los conocimientos teóricos en un contexto determinado. Se realizarán simulaciones a través de las TIC.

Tutorías
 
Sesión Magistral
Practicas a través de TIC en aulas informáticas
descripción
El alumno puede contar con la ayuda del profesor en tutorias individuales, de caracter no obligatorio. Estas tutorias se realizaran en el despacho del profesor previa cita concertada a peticion del alumno.

Evaluación
  descripción calificación
Otros ver comentarios ver comentarios
 
Otros comentarios y segunda convocatoria

Cada uno de los bloques de contenidos aporta el 50% de la nota final, siendo necesario obtener al menos un 4 sobre 10 puntos en cada uno de los bloques y una nota final igual o superior a 5 sobre 10 para superar la asignatura. En caso contrario, la nota final será la correspondiente al bloque con menor calificación.

En el bloque impartido por profesorado del Área de Ecología, se realizará una prueba escrita que permitirá evaluar el dominio del alumno sobre el conjunto de los contenidos, tanto teóricos como prácticos, que representará un 60% de la nota final. El otro 40% corresponderá a la evaluación de la participación activa durante las clases y la exposición y/o memoria escrita de trabajos individuales y/o en grupos.

En el bloque impartido por profesorado del Área de Genética, se realizará una prueba teórico-práctica donde se valorará la resolución de problemas y casos (60 % de la nota). Los conocimientos teóricos se evaluarán mediante una prueba escrita y la participación en las clases (20 %). Las habilidades y conocimientos prácticos (20 %) se evaluarán mediante el aprovechamiento de todas las sesiones prácticas, incluyendo las entregas de resultados para cada una de ellas.

En la segunda convocatoria se realizarán pruebas independientes para cada uno de los bloques, en la que se podrán recuperar los aspectos no superados.

Durante las pruebas de evaluación no se permitirá la tenencia ni el uso de ningún tipo de instrumento, material o recurso que sirva como fuente de información, a excepción del que sea expresamente autorizado por el profesorado en cada una de las pruebas. Su incumplimiento, así como la detección de fraude, copia o plagio, conlleva la calificación de suspenso en la asignatura.


Fuentes de información
Acceso a la Lista de lecturas de la asignatura

Básica

Franklin, J. 2009. Mapping species distributions. Spatial inference and prediction. Cambridge University Press, New York

Guisande, C et al. 2006. Tratamiento de datos. Ed. Díaz de Santos.

Krebs, C. 1999. Ecological Methodology. 2nd Ed. Benajamin Cummings.

Lesk, A.M. 2008. Introduction to Bioinformatics. (3rd edition). Oxford.

Attwood, T.K. y Parry-Smith, D.J. 2002. Introducción a la Bioinformática. Prentice Hall.

Kesmir, C. 2013. Bioinformatics. Utrech University. Ebook publically available at http://theory.bio.uu.nl/BPA/tb.pdf

Complementaria


Recomendaciones


Asignaturas que se recomienda haber cursado previamente
BIOLOGÍA I / 00206001
BIOLOGÍA II / 00206002
ECOLOGÍA DE POBLACIONES / 00206009
GENÉTICA FUNDAMENTAL / 00206010