Guia docente

DATOS IDENTIFICATIVOS

2021_22

Asignatura

TRANSCRIPTÓMICA Y ANÁLISIS FUNCIONAL

Código

01745012

Enseñanza

1745 - Máster Universitario en Investigación en Biotecnología y Biomedicina

Descriptores

Cr.totales

Tipo

Curso

Semestre

Optativa

Primer

Segundo

Idioma

Prerrequisitos

Departamento

PRODUCCION ANIMAL

Responsable

SUAREZ VEGA, AROA

Correo-e

asuav@unileon.es
bgutg@unileon.es
mmarm@unileon.es
arodg@unileon.es
jgutg@unileon.es

Profesores/as

GUTIÉRREZ GIL , BEATRIZ

MARQUÉS MARTÍNEZ , MARGARITA

RODRÍGUEZ GARCÍA , ANTONIO

GUTIERREZ GONZALEZ , JUAN JOSE

SUAREZ VEGA, AROA

Web

http://

Descripción general

Tribunales de Revisión

Tribunal titular
Cargo	Departamento	Profesor
Presidente	PRODUCCION ANIMAL	ARRANZ SANTOS , JUAN JOSE
Secretario	BIOLOGIA MOLECULAR	GARCIA GARCIA , PEDRO
Vocal	PRODUCCION ANIMAL	BAYON GONZALEZ , YOLANDA

Tribunal suplente
Cargo	Departamento	Profesor
Presidente	PRODUCCION ANIMAL	FUENTE CRESPO , L. FERNANDO DE LA
Secretario	BIOLOGIA MOLECULAR	SAENZ DE MIERA CARNICER , LUIS ENRIQUE
Vocal	BIOLOGIA MOLECULAR	GONZALEZ CORDERO , ANA ISABEL

Competencias

Tipo A	Código	Competencias Específicas
	A18951	1745CE12 Capacidad para desarrollar habilidades que permitan aplicar y optimizar herramientas bioinformáticas especializadas y conceptos computacionales avanzados que se utilizan en los estudios genómicos y transcriptómicos.
	A18952	1745CE13 Capacidad para diseñar, reconocer y realizar estudios de investigación transcriptómica y análisis avanzados de enriquecimiento funcional.
	A18954	1745CE3 Capacidad para utilizar recursos informáticos actualizados relacionados con el manejo de bases de datos, tanto bibliográficas como relativas a las moléculas biológicas y a las particularidades de sus métodos de análisis avanzados.
	A18955	1745CE4 Capacidad de utilización de los métodos matemáticos y estadísticos adecuados para el análisis de datos avanzado, así como su edición y presentación en documentos científicos.
Tipo B	Código	Competencias Generales y Transversales
	B5753	1745CT1 Expresión oral y escrita.
	B5754	1745CT2 Solución de problemas.
	B5755	1745CT3 Utilizar internet como medio de comunicación y como fuente de información.
	B5757	1745CT5 Organizar y planificar el trabajo.
	B5758	1745CT6 Toma de decisiones.
	B5761	1745CT9 Creatividad.
	B5764	1745CT12 Pensamiento crítico.
	B5766	1745CG1 Adquirir una formación teórico-práctica actualizada de la metodología aplicada para el desarrollo de actividades de I+D+I en Biología Fundamental, Biomedicina Biotecnología y Veterinaria orientada a seguir estudios de doctorado, a la investigación y al ejercicio profesional.
	B5767	1745CG2 Capacidad de buscar bibliografía, manuales y protocolos de actividades específicas, tanto en papel como internet, y de desarrollar el razonamiento crítico para seleccionarla teniendo en cuenta su aportación a la materia y para reunir e interpretar datos relevantes sobre diferentes temas.
Tipo C	Código	Competencias Básicas
	C2	Que los estudiantes sean capaces de integrar conocimientos y enfrentarse a la complejidad de formular juicios a partir de una información que, siendo incompleta o limitada, incluya reflexiones sobre las responsabilidades sociales y éticas vinculadas a la aplicación de sus conocimientos y juicios.
	C3	Que los estudiantes sepan comunicar sus conclusiones (y los conocimientos y razones últimas que las sustentan) a públicos especializados y no especializados de un modo claro y sin ambigüedades.
	C4	Que los estudiantes posean las habilidades de aprendizaje que les permitan continuar estudiando de un modo que habrá de ser en gran medida autodirigido o autónomo.
	C5	Poseer y comprender conocimientos que aporten una base u oportunidad de ser originales en el desarrollo y/o aplicación de ideas, a menudo en un contexto de investigación

Resultados de aprendizaje

Resultados	Competencias
Realizar e interpretar análisis de expresión diferencial de genes e identificación de nuevos transcritos, incluyendo transcritos no codificantes largos, a partir de datos de secuenciación masiva paralela de RNA (RNA-Seq).	A18951 A18952 A18954 A18955	B5754 B5757 B5758 B5761 B5764 B5766 B5767	C2 C4 C5
Comprender la teoría de cómo las herramientas de enriquecimiento funcional producen funciones o interacciones enriquecidas estadísticamente	A18952 A18954	B5753 B5755 B5757 B5758 B5761 B5764 B5766 B5767	C2 C3 C4 C5
Desarrollo de competencias bioinformáticas mediante el manejo de diversos lenguajes de programación.	A18951 A18954 A18955	B5754 B5755 B5758 B5761 B5766 B5767	C2 C4 C5
Profundizar en el conocimiento de las bases biológicas y moleculares de los caracteres complejos de interés en diversos organismos mediante la realización e interpretación de análisis funcionales.	A18951 A18954	B5754 B5755 B5758 B5764 B5766 B5767	C2 C3 C5

Contenidos

Bloque	Tema
I. INTRODUCCIÓN.	Tema 1. Introducción a la transcriptómica y antecedentes Tema 2. Aspectos básicos para el diseño de un experimento y aplicaciones de la metodología de RNA-Seq Tema 3. Introducción a los lenguajes de programación: entorno Linux y R
II. RNA-SEQ: FLUJO BIOINFORMÁTICO	Tema 4. Control de calidad de datos RNA-Seq Tema 5. Mapeo frente al genoma de referencia con datos de RNA-Seq Tema 6. Manipulación de secuencias y visualización con IGV Tema 7: Ensamblado de datos de RNA-Seq, tipos y aplicaciones Tema 8: Cuantificación y análisis de expresión diferencial Tema 9: Análisis de series temporales. Detección y anotación de transcritos de ARNm y ARNp en procariotas: dRNA-seq, Term-seq
III. ANÁLISIS FUNCIONALES Y BIOLOGÍA DE SISTEMAS	Tema 9: Principios de la anotación funcional, bases de datos y análisis de enriquecimiento funcional Tema 10: Genómica Funcional y Sistemas CRISPR/Cas9 Tema 11: Meta-análisis e Introducción a la Biología de Sistemas

Planificación

Metodologías :: Pruebas
	Horas en clase	Horas fuera de clase	Horas totales
Practicas a través de TIC en aulas informáticas	19	28.5	47.5

Tutorías	3	4.5	7.5

Sesión Magistral	8	12	20

Pruebas prácticas	0	0	0

(*)Los datos que aparecen en la tabla de planificación són de carácter orientativo, considerando la heterogeneidad de los alumnos

Metodologías

Metodologías ::

	descripción
Practicas a través de TIC en aulas informáticas	Sesiones prácticas presenciales. Ensayos experimentales, problemas o simulaciones informáticas. Los estudiantes realizarán o seguirán un protocolo experimental siguiendo las buenas prácticas de laboratorio, la guía de buenas prácticas de manipulación de animales de experimentación y/o microorganismos manipulados genéticamente. En dichas sesiones se discutirán, por parte de los estudiantes y el profesor, los resultados obtenidos, analizando su importancia e interés.
Tutorías	Asistencia personalizada al alumno. Se guiará al estudiante en actividades autoformativas. Análisis de artículos científicos relevantes sobre temas actuales relacionados con la materia. - Preparación de memorias escritas, exposiciones orales o seminarios sobre trabajo experimental o bibliográfico. - Realización de tareas autónomas online o en aula informática. El alumno podrá asistir en los horarios de tutorías de los profesores. Se recomienda pedir cita previa mediante correo electrónico con el profesor. Las tutorías podrán realizarse mediante correo electrónico en caso de imposibilidad de tutoría presencial.
Sesión Magistral	Exposición o discusión de los contenidos de la materia.

Tutorías

descripción

Evaluación

	descripción	calificación
Practicas a través de TIC en aulas informáticas	Asistencia a prácticas de laboratorio (asistencia y participación activa en todas las actividades formativas). 20% de la calificación final Entrega de memoria de prácticas. 30% de la calificación final	50
Otros	Valoración del manejo de herramientas bioinformáticas relacionadas con la asginatura y capacidad de interpretación y discusión de los resultados derivados de su utilización. 50% de la calificación final	50

Otros comentarios y segunda convocatoria
Aquellos controles no superados en la evaluación continua deberán ser superados en la segunda convocatoria ordinaria. Examen final de la asignatura. El sistema de calificaciones se ajustará a lo estipulado en el RD 1125/2003. Ponderación máxima 70%

Fuentes de información

Acceso a la Lista de lecturas de la asignatura

Básica	Christina Marshall, Bioinformatics and Functional Genomics, CALLISTO REFERENCE, Dan MacLean, R Bioinformatics Cookbook: Use R and Bioconductor to perform RNAseq, genomics, data visualization, and bioinformatic analysis, Packt Publishing, Eija Korpelainen, Jarno Tuimala, Panu Somervuo, Mikael Huss, Garry Wong, RNA-seq Data Analysis: A Practical Approach, Chapman and Hall/CRC, Haja N. Kadarmideen, Systems Biology in Animal Production and Health, Vol. 1, Springer International Publishing,

Complementaria

Recomendaciones