Guia docente
DATOS IDENTIFICATIVOS 2023_24
Asignatura TRANSCRIPTÓMICA Y ANÁLISIS FUNCIONAL Código 01745012
Enseñanza
1745 - Máster Universitario en Investigación en Biotecnología y Biomedicina
Descriptores Cr.totales Tipo Curso Semestre
3 Optativa Primer Segundo
Idioma
Prerrequisitos
Departamento PRODUCCION ANIMAL
Responsable
SUAREZ VEGA, AROA
Correo-e asuav@unileon.es
bgutg@unileon.es
mmarm@unileon.es
arodg@unileon.es
jgutg@unileon.es
Profesores/as
GUTIÉRREZ GIL , BEATRIZ
MARQUÉS MARTÍNEZ , MARGARITA
RODRÍGUEZ GARCÍA , ANTONIO
GUTIERREZ GONZALEZ , JUAN JOSE
SUAREZ VEGA, AROA
Web http://
Descripción general
Tribunales de Revisión
Tribunal titular
Cargo Departamento Profesor
Presidente PRODUCCION ANIMAL ARRANZ SANTOS , JUAN JOSE
Secretario BIOLOGIA MOLECULAR GARCIA GARCIA , PEDRO
Vocal PRODUCCION ANIMAL BAYON GONZALEZ , YOLANDA
Tribunal suplente
Cargo Departamento Profesor
Presidente PRODUCCION ANIMAL FUENTE CRESPO , L. FERNANDO DE LA
Secretario BIOLOGIA MOLECULAR SAENZ DE MIERA CARNICER , LUIS ENRIQUE
Vocal BIOLOGIA MOLECULAR GONZALEZ CORDERO , ANA ISABEL

Competencias
Tipo A Código Competencias Específicas
  A18951 1745CE12 Capacidad para desarrollar habilidades que permitan aplicar y optimizar herramientas bioinformáticas especializadas y conceptos computacionales avanzados que se utilizan en los estudios genómicos y transcriptómicos.
  A18952 1745CE13 Capacidad para diseñar, reconocer y realizar estudios de investigación transcriptómica y análisis avanzados de enriquecimiento funcional.
  A18954 1745CE3 Capacidad para utilizar recursos informáticos actualizados relacionados con el manejo de bases de datos, tanto bibliográficas como relativas a las moléculas biológicas y a las particularidades de sus métodos de análisis avanzados.
  A18955 1745CE4 Capacidad de utilización de los métodos matemáticos y estadísticos adecuados para el análisis de datos avanzado, así como su edición y presentación en documentos científicos.
Tipo B Código Competencias Generales y Transversales
  B5753 1745CT1 Expresión oral y escrita.
  B5754 1745CT2 Solución de problemas.
  B5755 1745CT3 Utilizar internet como medio de comunicación y como fuente de información.
  B5757 1745CT5 Organizar y planificar el trabajo.
  B5758 1745CT6 Toma de decisiones.
  B5761 1745CT9 Creatividad.
  B5764 1745CT12 Pensamiento crítico.
  B5766 1745CG1 Adquirir una formación teórico-práctica actualizada de la metodología aplicada para el desarrollo de actividades de I+D+I en Biología Fundamental, Biomedicina Biotecnología y Veterinaria orientada a seguir estudios de doctorado, a la investigación y al ejercicio profesional.
  B5767 1745CG2 Capacidad de buscar bibliografía, manuales y protocolos de actividades específicas, tanto en papel como internet, y de desarrollar el razonamiento crítico para seleccionarla teniendo en cuenta su aportación a la materia y para reunir e interpretar datos relevantes sobre diferentes temas.
Tipo C Código Competencias Básicas
  C2 Que los estudiantes sean capaces de integrar conocimientos y enfrentarse a la complejidad de formular juicios a partir de una información que, siendo incompleta o limitada, incluya reflexiones sobre las responsabilidades sociales y éticas vinculadas a la aplicación de sus conocimientos y juicios.
  C3 Que los estudiantes sepan comunicar sus conclusiones (y los conocimientos y razones últimas que las sustentan) a públicos especializados y no especializados de un modo claro y sin ambigüedades.
  C4 Que los estudiantes posean las habilidades de aprendizaje que les permitan continuar estudiando de un modo que habrá de ser en gran medida autodirigido o autónomo.
  C5 Poseer y comprender conocimientos que aporten una base u oportunidad de ser originales en el desarrollo y/o aplicación de ideas, a menudo en un contexto de investigación

Resultados de aprendizaje
Resultados Competencias
Realizar e interpretar análisis de expresión diferencial de genes e identificación de nuevos transcritos, incluyendo transcritos no codificantes largos, a partir de datos de secuenciación masiva paralela de RNA (RNA-Seq). A18951
A18952
A18954
A18955
B5754
B5757
B5758
B5761
B5764
B5766
B5767
C2
C4
C5
Comprender la teoría de cómo las herramientas de enriquecimiento funcional producen funciones o interacciones enriquecidas estadísticamente A18952
A18954
B5753
B5755
B5757
B5758
B5761
B5764
B5766
B5767
C2
C3
C4
C5
Desarrollo de competencias bioinformáticas mediante el manejo de diversos lenguajes de programación. A18951
A18954
A18955
B5754
B5755
B5758
B5761
B5766
B5767
C2
C4
C5
Profundizar en el conocimiento de las bases biológicas y moleculares de los caracteres complejos de interés en diversos organismos mediante la realización e interpretación de análisis funcionales. A18951
A18954
B5754
B5755
B5758
B5764
B5766
B5767
C2
C3
C5

Contenidos
Bloque Tema
I. INTRODUCCIÓN. Tema 1. Introducción a la transcriptómica y antecedentes
Tema 2. Aspectos básicos para el diseño de un experimento y aplicaciones de la metodología de RNA-Seq
Tema 3. Introducción a los lenguajes de programación: entorno Linux y R
II. RNA-SEQ: FLUJO BIOINFORMÁTICO Tema 4. Control de calidad de datos RNA-Seq
Tema 5. Mapeo frente al genoma de referencia con datos de RNA-Seq
Tema 6. Manipulación de secuencias y visualización con IGV
Tema 7: Ensamblado de datos de RNA-Seq, tipos y aplicaciones
Tema 8: Cuantificación y análisis de expresión diferencial
Tema 9: Análisis de series temporales. Detección y anotación de transcritos de ARNm y ARNp en procariotas: dRNA-seq, Term-seq
III. ANÁLISIS FUNCIONALES Y BIOLOGÍA DE SISTEMAS Tema 9: Principios de la anotación funcional, bases de datos y análisis de enriquecimiento funcional
Tema 10: Genómica Funcional y Sistemas CRISPR/Cas9
Tema 11: Meta-análisis e Introducción a la Biología de Sistemas

Planificación
Metodologías  ::  Pruebas
  Horas en clase Horas fuera de clase Horas totales
Practicas a través de TIC en aulas informáticas 19 28.5 47.5
 
Tutorías 3 4.5 7.5
 
Sesión Magistral 8 12 20
 
Pruebas prácticas 0 0 0
 
(*)Los datos que aparecen en la tabla de planificación són de carácter orientativo, considerando la heterogeneidad de los alumnos

Metodologías
Metodologías   ::  
  descripción
Practicas a través de TIC en aulas informáticas Sesiones prácticas presenciales. Ensayos experimentales, problemas o simulaciones informáticas. Los estudiantes realizarán o seguirán un protocolo experimental siguiendo las buenas prácticas de laboratorio, la guía de buenas prácticas de manipulación de animales de experimentación y/o microorganismos manipulados genéticamente. En dichas sesiones se discutirán, por parte de los estudiantes y el profesor, los resultados obtenidos, analizando su importancia e interés.
Tutorías Asistencia personalizada al alumno. Se guiará al estudiante en actividades autoformativas. Análisis de artículos científicos relevantes sobre temas actuales relacionados con la materia. - Preparación de memorias escritas, exposiciones orales o seminarios sobre trabajo experimental o bibliográfico. - Realización de tareas autónomas online o en aula informática. El alumno podrá asistir en los horarios de tutorías de los profesores. Se recomienda pedir cita previa mediante correo electrónico con el profesor. Las tutorías podrán realizarse mediante correo electrónico en caso de imposibilidad de tutoría presencial.
Sesión Magistral Exposición o discusión de los contenidos de la materia.

Tutorías
 
descripción

Evaluación
  descripción calificación
Practicas a través de TIC en aulas informáticas Asistencia a prácticas de laboratorio
(asistencia y participación activa en todas
las actividades formativas). 20% de la calificación final

Entrega de memoria de prácticas. 30% de la calificación final
50
Otros Valoración del manejo de herramientas
bioinformáticas relacionadas con la
asginatura y capacidad de interpretación y
discusión de los resultados derivados de su
utilización. 50% de la calificación final
50
 
Otros comentarios y segunda convocatoria

Aquellos controles no superados en la evaluación continua deberán ser superados en la segunda convocatoria ordinaria. Examen final de la asignatura. El sistema de calificaciones se ajustará a lo estipulado en el RD 1125/2003. Ponderación máxima 70%


Fuentes de información
Acceso a la Lista de lecturas de la asignatura

Básica Christina Marshall, Bioinformatics and Functional Genomics, CALLISTO REFERENCE,
Dan MacLean, R Bioinformatics Cookbook: Use R and Bioconductor to perform RNAseq, genomics, data visualization, and bioinformatic analysis, Packt Publishing,
Eija Korpelainen, Jarno Tuimala, Panu Somervuo, Mikael Huss, Garry Wong, RNA-seq Data Analysis: A Practical Approach, Chapman and Hall/CRC,
Haja N. Kadarmideen, Systems Biology in Animal Production and Health, Vol. 1, Springer International Publishing,

Complementaria


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